单细胞文章专列细胞图谱
生物信息学习的正确姿势
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年，Aviv和Sarah等人发起"人类细胞图谱计划"(HumanCellAtlasProject)，该项目与“人类基因组计划”媲美，Facebook创始人扎克伯格计划资助30亿美元。“人类细胞图谱计划”是一项大型国际合作项目，旨在根据独特的分子信息(如基因表达)对个体所有细胞种类进行定义,并将这些信息与传统的细胞学表述(如位置和形态)相关联，从而确定个体所有类型细胞中的基因表达模式、其独特的生理状态、发育轨迹和位置。我们通过PubMed数据库检索，筛选近10年内的高分细胞图谱文章，共获得83篇文献，现选择其中53篇代表性文章进行导读，其余文末使用表格列出。万字长文，欢迎收藏阅读。文献导读
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英文题目：Constructionofahumancelllandscapeatsingle-celllevel
中文题目：在单细胞水平上构建人类细胞图谱
发表时间：/03/28
发表杂志：Nature
影响因子：42
DOI：10./s---4
摘要：单细胞测序是分析复杂系统中细胞异质性的宝贵工具。然而，我们尚未获得人类全面的单细胞图谱。在这里，我们使用单细胞mRNA测序来确定所有主要人体器官的细胞类型组成，并构建人类细胞图谱（HCL）。我们发现了许多尚未充分表征的组织的单细胞层次结构。我们建立了有助于定义人类细胞身份的“单细胞HCL分析”流程。最后，我们对人和老鼠的图谱进行了单细胞比较分析，以确定保守的遗传网络。我们发现干细胞和祖细胞表现出很强的转录随机性，而分化的细胞则更为独特。我们的结果为人类生物学的研究提供了有用的资源。
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英文题目：MappingtheMouseCellAtlasbyMicrowell-Seq
中文题目：通过Microwell-Seq绘制小鼠细胞图谱
发表时间：/2/24
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..02.
摘要：单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术将重塑当前的细胞类型分类系统。然而，基于转录组的单细胞图谱还没有在复杂的哺乳动物系统中实现。在这里，我们使用简单，廉价的设备开发了Microwell-seq，一种高通量，低成本的scRNA-seq平台。使用Microwell-seq，我们分析了覆盖所有主要小鼠器官的,多个单细胞，并构建了小鼠细胞图谱（MCA）的基本方案。我们揭示了以前没有被很好表征的许多组织的单细胞层次结构。我们建立了一个基于Web的“单细胞MCA分析”流程，该流程可根据单细胞表达准确定义细胞类型。我们的研究证明了微孔测序技术和MCA资源的广泛适用性。3
英文题目：ASpatiotemporalOrgan-WideGeneExpressionandCellAtlasoftheDevelopingHumanHeart
中文题目：人类心脏发育的空间基因表达和细胞图谱
发表时间：/12/14
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..11.
摘要：人类心脏形态发生的过程尚不完全清楚。其完整特征需要结合单细胞探索器官范围的基因表达情况。在这里，我们提出了一种揭示胚胎心脏在三个发育阶段的细胞图谱的分子方法，并将特定细胞类型的基因表达映射到特定的解剖结构域。空间转录学确定了与每个发育阶段不同解剖区域相对应的独特基因图谱，通过单细胞RNA测序鉴定了人胚胎心肌细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用原位测序来鉴定这些结果，并创建三个发育阶段的空间亚细胞图。最后，我们建立了一个公开的人类发育心脏的网站，以促进未来对人类心脏发生的研究。4
英文题目：Thesingle-celltranscriptionallandscapeofmammalianorganogenesis
中文题目：哺乳动物器官发育的单细胞转录组图谱
发表时间：/02/22
发表杂志：Nature
影响因子：42
DOI：10./s---x
摘要：哺乳动物的器官形成是一个不可思议的过程。在很短的时间内，三个胚层的细胞会转变成包含大部分主要内部和外部器官的胚胎。在这里，我们在单细胞分辨率下研究小鼠器官的转录动态。使用单细胞组合标记，我们在一个单独的实验中，分析了从妊娠9.5天到13.5天的61个胚胎中提取的约万个细胞的转录组。由此产生的“小鼠器官发生细胞图谱”(MOCA)提供了这一关键时期发育过程的全局视图。我们使用Monocle3来识别数百种细胞类型和56条轨迹，其中许多只是由于细胞覆盖的深度才被检测到，并共同定义了数千个相应的标记基因。我们探索了基因表达在细胞类型和细胞轨迹中的动态变化，包括对顶端外胚层嵴、肢体间质和骨骼肌的重点分析。5
英文题目：Asingle-cellmolecularmapofmousegastrulationandearlyorganogenesis
中文题目：小鼠原肠胚形成及早期器官发生的单细胞分子图谱
发表时间：/02/20
发表杂志：Nature
影响因子：42
DOI：10./s---9
摘要：在动物细胞界中，原肠胚化是一个关键的发育事件，在此期间，胚胎多能干细胞分化成能产生成体有机体的特定谱系前体。在这里，我们报道了从受精后6.5到8.5天的9个连续时间点收集的小鼠胚胎中,个单细胞的转录谱。我们构建了一个从多能分化到所有主要胚胎谱系的分子图谱，并探讨了内脏和原始条纹衍生内胚层的融合有关的的复杂事件。此外，我们使用单细胞分析显示Tal1?/?嵌合胚胎在早期中胚层分化中存在缺陷，因此我们证明了结合时间信息和转录信息可以如何阐明基因功能。总之，这一对哺乳动物细胞在体内分化轨迹的全面描述为理解基因突变在发育过程中的影响提供了基础，也为优化再生医学的体外分化方案提供了路线图。6
英文题目：LandscapeofInfiltratingTCellsinLiverCancerRevealedbySingle-CellSequencing
中文题目：单细胞测序揭示了肝癌中浸润性T细胞图谱
发表时间：/6/17
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..05.
摘要：肿瘤浸润淋巴细胞的系统探索是癌症免疫疗法发展以及预测其临床反应的关键。在这里，我们对从六名肝细胞癌患者的外周血，肿瘤和邻近正常组织中分离出的5,个T细胞进行了深度单细胞RNA测序。这些单个细胞的转录谱，再加上组装的T细胞受体（TCR）序列，使我们能够根据T细胞的分子和功能特性鉴定11个T细胞亚群，并描绘出它们的发育轨迹。我们为每个亚群鉴定了特征基因，并且发现在肝细胞癌（HCC）中，特定的亚群（如枯竭的CD8+T细胞和Tregs）优先富集并可能克隆扩增。其中有一种基因layilin，在活化的CD8+T细胞和Tregs中上调，并在体外抑制CD8+T细胞的功能。这份转录组数据概括为了解癌症的免疫状况提供了宝贵的见解和丰富的资源。7
英文题目：Single-CellMapofDiverseImmunePhenotypesintheBreastTumorMicroenvironment
中文题目：乳腺肿瘤微环境中不同免疫表型的单细胞图谱
发表时间：/7/3
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..05.
摘要：了解肿瘤微环境中的免疫细胞表型对理解癌症进展机制和免疫治疗反应至关重要。我们使用单细胞RNA-seq分析了来自8个乳腺癌的45个免疫细胞，以及匹配的正常乳腺组织、血液和淋巴结。我们开发了预处理流程SEQC和贝叶斯聚类和归一化方法Biscuit，以解决单细胞数据固有的计算难题。尽管正常和肿瘤组织免疫细胞之间有显著的相似性，但我们观察到肿瘤微环境特异性的持续表型扩增。对来自27,个额外的T细胞的配对单细胞RNA和T细胞受体（TCR）测序数据的分析揭示了TCR的使用对表型多样性的组合影响。我们的结果支持了癌症中T细胞中持续激活的模型，而与癌症中的巨噬细胞极化模型不符。我们的结果对于表征浸润肿瘤的免疫细胞具有重要意义。8
英文题目：ASingle-CellAtlasofInVivoMammalianChromatinAccessibility
中文题目：哺乳动物体内染色质可及性的单细胞图谱
发表时间：/8/7
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..06.
摘要：我们应用了组合索引测定法sci-ATAC-seq，来分析13只成年小鼠组织的约,个单细胞的全基因组染色质可及性。我们确定了85种不同的染色质可及性模式，其中大多数可分配给细胞类型，以及约,个差异可及性元素。我们使用这些数据将调控元件与其靶基因联系起来，以定义指定的每种细胞类型的转录因子模式，并发现不同细胞类型间可及性的异质性的体内相关关系。我们开发了一种将单细胞基因表达数据映射到单细胞染色质可及性数据的技术，以促进图谱的比较。通过联系小鼠染色质可及性与人类全基因组关联统计，我们确定了数百种复杂性状的遗传信号的细胞类型特异性富集。这些数据定义了在单细胞分辨率下常见哺乳动物细胞类型的调控基因组的体内图谱。9
英文题目：ASingle-CellAtlasoftheTumorandImmuneEcosystemofHumanBreastCancer
中文题目：人类乳腺癌肿瘤和免疫系统的单细胞图谱
发表时间：/4/16
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..03.
摘要：乳腺癌是一种异质性疾病。肿瘤细胞和相关的健康细胞形成的生态系统决定了疾病进程和对治疗反应。为了描述乳腺癌生态系统的特征及其与临床数据的关系，我们使用质谱分析了例人类乳腺肿瘤和50例非肿瘤组织样本。使用肿瘤和免疫细胞为中心的抗体板评估了万细胞中73个蛋白的表达。肿瘤细胞组成具有个体性，包括表型异常和表型优势。肿瘤与免疫细胞之间的关联分析揭示了与免疫抑制和预后不良有关的生态系统特征。在高等级的ER+和ER-肿瘤中发现高频率的PD-L1+肿瘤相关巨噬细胞和衰竭的T细胞。这种大规模的单细胞图谱加深了我们对乳腺肿瘤生态系统的了解，并表明基于生态系统的患者分类将有助于识别针对肿瘤及其免疫环境的精准医学方法的个体。10
英文题目：ASingle-CellTranscriptomeAtlasoftheAgingDrosophilaBrain
中文题目：衰老的果蝇大脑的单细胞转录组图谱
发表时间：/6/19
发表杂志：Cell
影响因子：38
DOI：10./j.cell..05.
摘要：大脑中细胞类型和调节状态的多样性，以及这些在衰老过程中是如何变化的，在很大程度上仍是未知的。我们展示了整个成年果蝇大脑整个生命周期采样的单细胞转录组图谱。细胞聚类确定了87个初始细胞聚类，这些聚类通过靶向细胞分选进一步细分并验证。我们的数据显示出较高的粒度，并可以识别多种细胞类型。使用SCENIC进行的基因网络分析显示，调控异质性与能量消耗有关。在衰老过程中，RNA含量呈指数级下降，而不影响老年大脑的神经元身份。该单细胞脑图谱覆盖了正常大脑中几乎所有的细胞，并在我们独特的单细胞分析平台SCope(转载注明： http://ww.hwoaa.com/jcyzl/12714.html
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